阴道囊肿是阴道良性留中更常见的，正常阴道没有腺体存在，但偶可发现孤立的迷走的隐窝，并由此形成含有液体的潴留性囊肿，并非赘生性或增生性恶性病。一般囊肿上皮多来源于胚胎时期的苗勒氏管，中肾管及泌尿生殖窦。卵巢冠纵管囊肿来源于午非氏管的事迹。
阴道囊肿又分为上皮包含囊肿和胚胎遗留性囊肿两类。上皮包含囊肿是由于分娩时阴道粘膜受损，或阴道手术缝合时阴道粘膜被卷入阴道深层，伤口愈合后此粘膜继续增生脱屑，然后液化形成囊肿。一般无症状，常于检查时发现。胚胎遗留性囊肿又称中肾管囊肿，阴道旁的中肾管如有阻塞，分泌物潴留可形成囊肿，在阴道侧壁或下段的前壁可见到，呈成串或多发，如葡萄或乒乓球大小，囊肿壁薄为单房。(建议阅读：阴道恶性病有哪些种类)
